Mekanisme pemilihan Ketua Umum PBNU periode 2026-2031 mengalami perubahan mendasar, di mana penetapan tidak lagi dilakukan melalui pemilihan langsung oleh peserta muktamar.
Dalam sistem baru ini, seluruh PWNU, PCNU, dan PCINU dapat mengusulkan maksimal lima nama calon. Panitia kemudian akan menabulasi usulan tersebut untuk menentukan lima nama dengan perolehan suara terbanyak.
Kelima nama kandidat teratas selanjutnya diserahkan kepada Rais 'Aam PBNU terpilih untuk mendapatkan catatan, pertimbangan, dan restu.
Setelah mendapat restu, keputusan akhir pemilihan Ketua Umum PBNU akan diputuskan bersama oleh Rais 'Aam terpilih dan sembilan anggota Ahlul Halli wal Aqdi (AHWA).