Kementerian Hak Asasi Manusia (HAM) menilai kesimpulan Komnas HAM tentang adanya pelanggaran HAM dalam program Makan Bergizi Gratis (MBG) sebagai keliru dan tidak akurat. Menurut Kementerian HAM, program MBG adalah upaya pemerintah memenuhi hak ekonomi, sosial, dan budaya (ekosob), khususnya hak atas pangan. Direktur Jenderal PDK HAM, Munafrizal Manan, menjelaskan bahwa penilaian pelanggaran HAM dalam pemenuhan hak ekosob tidak dapat disamakan dengan pelanggaran hak sipil dan politik, karena mengacu pada prinsip progressive realization yang mempertimbangkan kemampuan fiskal negara.
Munafrizal menegaskan bahwa pelanggaran HAM baru terjadi jika negara tidak melakukan upaya apa pun untuk memenuhi hak ekosob. Ia merespons temuan Komnas HAM pada 8 Oktober 2026 yang mengidentifikasi empat bentuk pelanggaran HAM dalam MBG, termasuk pelanggaran hak atas kesehatan, pangan, hak anak, kebebasan berpendapat, dan hak atas pemulihan efektif. Komnas HAM juga memberikan enam rekomendasi kepada pemerintah, seperti penguatan tata kelola dan penegakan hukum.
Meski mengakui catatan Komnas HAM dapat menjadi masukan, Munafrizal menilai kesimpulan tersebut cenderung menggeneralisasi seluruh pelaksanaan MBG sebagai pelanggaran HAM. Ia membandingkan dengan program SJSN yang juga menghadapi persoalan tetapi tidak dinilai melanggar HAM. Menurutnya, lebih objektif jika Komnas HAM menyebut secara spesifik dan kasuistik tempat serta pelaku pelanggaran, tanpa menggeneralisasi seluruh program MBG.