KH Imam Baihaqi mengkritik keras keputusan Muktamar NU ke-35 yang memberlakukan kembali Peraturan Perkumpulan (Perkum) terkait masa 'iddah politik' bagi calon Ketua Umum PBNU periode 2026–2031. Ia mempersoalkannya karena ketentuan tersebut sebelumnya telah dicabut dalam sidang pleno Komisi Organisasi.
Menurutnya, dengan dicabutnya ketentuan tersebut, seluruh kader Nahdlatul Ulama semestinya memiliki kesempatan yang sama untuk mengikuti kontestasi Ketua Umum PBNU, termasuk kader yang belum genap satu tahun meninggalkan jabatan politik.
Dalam talkshow di Jombang, KH Imam Baihaqi menilai dinamika di tubuh PBNU saat ini menunjukkan kecenderungan politik yang sangat kuat. Ia bahkan menyebut PBNU hari ini lebih politis daripada partai politik dan dinilai jauh dari spirit perjuangan para muassis serta kepemimpinan ala Gus Dur.
Karena itu, ia meminta ketentuan mengenai masa 'iddah politik' tersebut dihapus. Ia berharap proses pemilihan Ketua Umum PBNU dikembalikan kepada AD/ART yang telah disepakati secara bersama dalam muktamar sebelumnya.